Wojskowy Instytut Medyczny z Centralnym Szpitalem Klinicznym Ministerstwa Obrony Narodowej został utworzony 27 listopada 2002 r. rozporządzeniem Ministra Obrony Narodowej. Był to element reorganizacji wyższego szkolnictwa wojskowego na bazie Centralnego Szpitala Klinicznego Wojskowej Akademii Medycznej. W dniu 27 stycznia odbyły się uroczystości z okazji 20-lecia Wojskowego Instytutu Medycznego – Państwowego Instytutu Badawczego z udziałem prezydenta RP Andrzej Dudy oraz ministra obrony, wicepremiera Mariusza Błaszczaka.