Zweig urodził się 28 stycznia 1941 r. w Krakowie jako syn prawnika. Pierwsze miesiące życia spędził w żydowskim getcie, utworzonym przez niemieckie siły okupacyjne. Podczas akcji likwidacji getta, jego ojciec Zachariasz Zweig poddał dwuletnie dziecko narkozie lekarskiej i ukrył je w plecaku.
Wraz z ojcem, matką i starszą siostrą chłopiec trafił do obozu pracy przymusowej. Tam również musiał być ukrywany przed SS — u polskich rodzin w sąsiedztwie lub pod śmieciami na wozie z gnojem, jak odnotował jego ojciec w spisanych wspomnieniach.
Po uwięzieniu w innym obozie rodzina Zweigów została rozdzielona. Matka i siostra Zweiga zginęły w obozie koncentracyjnym Auschwitz. Trzyletni chłopiec i jego ojciec zostali deportowani do Buchenwaldu.
Tak zaczyna się historia „Nagiego wśród wilków”. Powieść Bruno Apitza, który sam przeżył Buchenwald, stała się bestsellerem i lekturą szkolną w NRD dzięki opisom komunistycznych więźniów, którzy ochronili malucha i uratowali go przed śmiercią. Dzięki powieści Stefan Jerzy Zweig stał się znany jako „dziecko z Buchenwaldu”.
Książka, która została opublikowana w 1958 r. i kilkakrotnie sfilmowana, ukrywała istotną rolę, jaką Zachariasz Zweig odegrał wraz z więźniami politycznymi w przetrwaniu chłopca.
Kilkadziesiąt lat później pytanie, w jaki sposób to małe dziecko zostało uratowane przed planowanym transportem do obozu koncentracyjnego Auschwitz, ponownie stało się kwestią sporną. Stefan Jerzy Zweig został w ostatniej chwili skreślony z listy transportowej. Z numerem, który przeznaczony był dla Zweiga, do Auschwitz został wysłany 16-letni Willy Blum, chłopiec Sinti (grupa etniczna pokrewna Romom).
W 2006 r. Zweig pozwał autora Hansa Joachima Schädlicha, ponieważ postać w jego powieści „Anders” powiedziała, iż Zweig nie może przyznać się przed samym sobą, iż przeżył z powodu morderstwa innej osoby. Zweig poczuł się osobiście zaatakowany. Był przekonany, iż jako ofiara nazistowskiego reżimu „nie ponosi przed Schädlichem i jego wydawnictwem żadnej odpowiedzialności za swoje życie pełne prześladowań”.
Kilka lat później Zweig podjął również kroki prawne przeciwko terminowi „wymiana ofiar”, którego ówczesny dyrektor Centrum Pamięci Buchenwald użył w związku z ratowaniem Zweiga. Obie sprawy zakończyły się ugodą.
Debaty te miały pozytywny wpływ na pamięć o Willym Blumie. Jego los został w końcu zbadany. W swojej książce „Dziecko z listy” historyczka Annette Leo wykorzystała dokumenty obozowe, aby opisać, jak 16-latek zgłosił się na ochotnika do transportu do Auschwitz, aby towarzyszyć swojemu młodszemu bratu.
Po wojnie Zweig mieszkał w Izraelu, Francji, NRD i wreszcie w Austrii, gdzie pracował jako operator filmowy. Do końca życia cierpiał z powodu psychicznych i fizycznych konsekwencji uwięzienia.
Później udało mu się samemu opowiedzieć swoją historię. W 2005 r. opublikował swoją biografię zatytułowaną „Tränen allein genügen nicht” („Same łzy nie wystarczą”).
