O strukturze ministerstwa decyduje prezes Rady Ministrów, który ministerstwu nadaje statut. Obecny pochodzi z 2014 roku i był już kilkukrotnie zmieniany. Najnowsze zmiany zostały wprowadzone Zarządzeniem Prezesa Rady Ministrów nr 116 z dnia 14 listopada 2024 roku. Zarządzenie zostało opublikowane 15 listopada, a wymienione w nim zmiany wejdą w życie po 14 dniach od publikacji czyli właśnie 29 listopada.