13 lipca żołnierze AK zawiesili biało-czerwoną flagę na górującej nad miastem Baszcie Gedymina, która później została później zdjęta przez Sowietów. W ten sposób ujawnili swoje prawdziwe intencje. Rozpoczęto sowieckie aresztowania Polaków – taki los spotkał też ppłk. Krzyżanowskiego. Łącznie (wraz ze schwytanymi w lasach pod Wilnem) w czasie akcji „Burza” na Wileńszczyźnie internowano ok. 5 tys. podoficerów i szeregowców.
Po wspólnym sukcesie podjęto rozmowy na temat polsko-sowieckiej współpracy. W wyniku pertraktacji stronie polskiej obiecano stworzenie dwóch dywizji piechoty i brygady kawalerii, podporządkowanych taktycznie sowieckiemu dowództwu, ale politycznie rządowi w Londynie. W tym też celu wyznaczono m.in. rejony koncentracji polskich oddziałów, aby zaopatrzyć je w broń i środki transportu.
Sowieci przygotowywali się już do podstępnej likwidacji polskich sił zbrojnych. „Wilk” został zaproszony na rozmowy z gen. Iwanem Czechniachowskim, dowódcą 3. Frontu Białoruskiego, po czym – wraz ze swymi oficerami – został aresztowany i osadzony w wileńskim więzieniu. Później zaś zesłany do łagrów. Równocześnie Sowieci rozpoczęli rozbrajanie sił AK zatrzymując – jak sami szacowali – ok. 6 tys. żołnierzy, których większość została następnie zesłana w głąb ZSRS.
