Dworzec został zbudowany w latach 1883–1884 jako część Galicyjskiej Kolei Transwersalnej (K.K. Galizische Transwersalbahn) łączącej Czadcę na Słowacji z Husiatynem na Ukrainie, powstałej z inicjatywy władz austriackich. Odcinek prowadzący z Suchej Beskidzkiej do Skawiny otwarto w grudniu 1884 roku, dzięki czemu Skawina zyskała status ważnego węzła kolejowego na trasie łączącej Kraków z Oświęcimiem, Zakopanem i Żywcem. Rozwój linii kolejowej, bliskość Krakowa i Twierdzy przyczyniły się do dynamicznego wzrostu przemysłu w mieście – powstały browar, rafineria, Pierwsza Galicyjska Fabryka Wyrobów Kamionkowych i Szamotowych (1909) oraz Fabryka Środków Kawowych Henryka Francka i Synów (1910).
W wyniku zmiennych losów historycznych dworzec wymagał modernizacji, która przeprowadzona została w 2006 roku. Zburzono wtedy nieużywane i zniszczone budynki kolejowe, takie jak Ośrodek Zabezpieczenia Ruchu Kolejowego, magazyny, budynki toromistrza, budki wagowe,i kuźnię, a także zlikwidowano bocznice. Zachowały się natomiast nieczynne wieże wodne. w tej chwili budynek dworca mieści również bibliotekę. W budynku zachowały się historyczne detale, takie jak sygnatury rur i oryginalna posadzka.
Przed budynkiem dworca znajdują się tablice informacyjne dotyczące historii w tym jedna poświęcona Transwersalnej Kolei Galicyjskiej.
